Travail interministériel au quotidien afin d’amener les administrations à trouver ensemble les solutions optimales aux questions complexes qui leur sont soumises et qui relèvent de plusieurs d’entre elles. Ceci concerne la dizaine de ministères qui interviennent en mer : Intérieur, Défense, Economie, Ecologie, développement durable, transport et logement, Affaires étrangères et européennes, Outre-Mer, Recherche, Justice, Agriculture et Pêche ...

 Conduite de l’action de l’Etat en mer

• Opérations de police en mer : Sûreté maritime et contre terrorisme maritime, secours en mer, lutte contre le trafic illicite de stupéfiants, immigration clandestine par voie maritime, lutte contre la pêche illicite, lutte contre la pollution du milieu marin (volontaire ou accidentelle)

• Valorisation, protection et gestion administrative des ressources de la mer : Economie maritime : flotte de commerce, ports, tourisme littoral, plaisance, Recherche, problématiques scientifiques, techniques et industrielles, Environnement : prévention des pollutions, protection des milieux marins et conservation de la ressource halieutique, biodiversité tant dans un cadre national que dans un cadre européen ou international, ressources minérales, sécurité maritime, aménagement du territoire, gestion intégrée de la zone côtière.

 Politique maritime et prospective

• politique maritime internationale (OMI)
• politique maritime européenne
• politique maritime française

 Une coopération constante avec divers organismes

Le Secrétariat général de la mer et le Centre d’analyse stratégique ont mené des travaux visant à la valorisation des ressources énergétiques et minérales, la gestion des ressources halieutiques, la circulation et la sécurité, l’économie du tourisme, la protection du littoral et de l’environnement en général, le développement durable du potentiel économique, l’urbanisation, les problèmes de gouvernance.

Par ailleurs, le Secrétariat Général de la Mer et l’Ifremer ont signé en juillet 2005 un protocole définissant les axes d’une coopération renforcée entre les deux institutions.