Le premier plan d’action mer de la Stratégie nationale pour la biodiversité adopté en novembre 2005, décline pour la mer les orientations de cette stratégie. Il a fixé un cadre cohérent d’actions visant à enrayer l’érosion de la biodiversité d’ici 2010 sur le milieu « mer ». Sa première programmation portait sur 2006 et 2007. Ces actions sont de niveaux et natures différents : réglementaire, technique et s’inscrivent dans un environnement complexe. Cette complexité est liée à la diversité des acteurs internationaux ou nationaux, institutionnels ou privés sur un domaine spatial très vaste, fragile et mal connu. La mise en oeuvre de ce plan a nécessité la répartition des différentes actions entre les différents services et ministères concernés en fonction de leurs compétences et responsabilités. La révision des plans d’actions a été menée à compter du second semestre 2008. La version révisée du plan mer a été validée le 24 avril 2009 comme tous les autres plans d’actions. La révision du plan a conduit à la réorganisation des actions en deux grandes catégories couvrant :
 les aspects juridiques internationaux, européens et nationaux,
 la connaissance du milieu marin et la sensibilisation aux questions relatives à la conservation de la biodiversité. La révision a pris en compte le bilan de la mise en oeuvre du plan Mer.

Au crédit de l’activité générale, des actions ont contribué à la prise en compte de la biodiversité dans le cadre des chantiers européens et internationaux, notamment au sein du processur informel sur les océans à l’ONU ou dans le cadre des mers régionales (Caraïbes, Océan indien).

Au crédit de la préservation du patrimoine marin, la possibilité de créer des parcs naturels marins a été ouverte et l’Agence des aires marines protégées a été créée (loi n°2006-436 du 14 avril 2006). La constitution d’un réseau cohérent de sites Natura 2000 en mer a été lancée en 2007 et a déjà permis de transmettre en novembre 2008, 76 propositions de sites vers la Commission Européenne. On citera également des avancées en matière de textes législatifs et de moyens déployés (financiers et humains), tant pour la protection des eaux contre les rejets de navires, que dans celui des extractions de matériaux et de contrôle des pêches. De nombreuses actions de sensibilisation et de formation, vis à vis des professionnels, comme vis-à-vis des autres usagers du littoral ont été menées au niveau local et national. Un certain nombre d’actions restent toutefois à finaliser.

Par ailleurs le contexte européen et national a sensiblement évolué, notamment avec la parution de la directive cadre « stratégie pour le milieu marin » (directive 2008/56/CE du 17 juin 2008) et les engagements pris à l’occasion du "Grenelle de l’environnement" de mettre en oeuvre une stratégie nationale pour la mer. Conformément au calendrier prévu pour la réactualisation des plans d’action, ce plan a été mis à jour et remis en cohérence avec les objectifs communautaires et gouvernementaux en terme de contenu et d’échéances.

Ce plan d’action révisé prend ainsi en compte le bilan des actions initiales (portée, efficacité) et le contexte réactualisé des engagements communautaires et nationaux.

Il définit ou redéfinit des objectifs actualisés et priorisés dans les différents secteurs déjà identifiés (pêche, transports maritimes professionnels ou de loisir, recherche et formation, outremer, industrie) en liaison avec les ministères, les établissements publics en charge de l’évaluation et de la protection de la biodiversité (notamment Ifremer et Agence des aires marines protégées) et les acteurs socio-économiques. L’atteinte des objectifs sera dans la mesure du possible effectuée en accord avec les principes et les orientations (notamment gestion intégrée) de la stratégie nationale pourla mer.

Le SG Mer se place au niveau du pilotage global du plan d’actions et assure un reporting vers le ministère de l’Ecologie, de l’Energie, du Développement durable et de l’Aménagement du territoire, porteur de la stratégie nationale pour la biodiversité. Il intervient ou contribue aux différents plans d’action dès lors qu’ils détiennent un lien avec la mer, notamment pour les plans d’action "International" ou "Outre mer".